Днем 19 января 2009 года Станислав Маркелов был застрелен прямо посреди людной московской улицы. Ему было 34 года. Он был известным адвокатом и сотрудничал с Новой Газетой, специальный корреспондент которой, Анна Политковская, была убита в Москве в 2006 году.

Спасаясь бегством, убийца также выстрелил в Анастасию Бабурову, молодую внештатную корреспондентку Новой Газетой. Ей было 25 лет. Она шла к метро, вместе с Маркеловым, когда убийца, облаченный в военный камуфляж, открыл огонь. Бабурова скончалась в больнице несколькими часами позже.

Маркелов представлял интересы семьи Эльзы Кунгаевой, 18-летней чеченской девушки, которая была похищена и убита в марте 2000 года полковником Юрием Будановым. Буданов был арестован в 2000 году и три года спустя был приговорен к десяти годам заключения. Его имя стало символом жестоких нарушений прав человека против мирного населения Чечни со стороны российских вооруженных сил в период военных конфликтов в том регионе. В то же время, российские националисты превратили его в своеобразную икону.

Станислав Маркелов представлял интересы правозащитников, боровшихся против нарушений прав человека российскими военными. Согласно свидетельствам тех, кто был с ним лично знаком, ему регулярно поступали звонки и текстовые сообщения, в которых ему угрожали убийством.

Как и в деле Буданова, Маркелов являлся представителем интересов семьи Магомедсалаха Масаева, который был похищен в Чечне через несколько недель после того, как дал интервью Новой Газете, в котором рассказал о том, что его незаконно задерживали и пытали в течение четырех месяцев и что это происходило в родной деревне Кадырова.

Станислав Маркелов и Анастасия Бабурова были застрелены недалеко от места проведения пресс-конференции, посвященной «Делу Буданова», где он заявил, что намерен подать апелляцию в Международный суд, против решения об условно-досрочном освобождении Юрия Буданова. 15 января 2009 года, Маркелов направил жалобу, против решения Ульяновского областного суда по делу Буданова, принятому в декабре 2008 года. Решение об освобождении Буданова было принято несмотря на неоднократные апелляции и повлекло за собой волну возмущения в Чеченской республике.