Juan Francisco Martínez fue asesinado el lunes 5 de enero de 2015, su cuerpo fue encontrado en la comunidad de Tapuyman, en el municipio de Santa Elena, Departamento de La Paz.
Juan Francisco era activista ambiental, de asuntos relacionados con el derecho al agua, la tierra y el territorio en defensa de la comunidad Lenca de la que era miembro y parte del Movimiento Indígena Lenca de la Paz, MILPAH, que a su vez pertenece a la Coalición Nacional de Redes y Organizaciones Ambientales, CONROA.
El cuerpo del defensor de derechos humanos, mostraba signos de tortura, además de haber sido apuñalado varias veces el en pecho. Una de sus manos estaba todavía amarrada con lo que parecían ser cordones de botas militares. Juan Francisco Martínez y su familia habían recibido múltiples amenazas desde agosto de 2014, luego del asesinato de su hijo en julio del mismo año.
El 11 de enero de 2015 se presentó una solicitud al Ministerio Público para que iniciase una investigación sobre el asesinato, sin embrago, se desconocen sus resultados.
“El objetivo inmediato y estratégico de este asesinato es desencadenar el terror, tortura y trauma contra la organización MILPAH y desalojar a los indígenas de sus tierras. El crimen del desalojo de los territorios garantiza el poder de acumulación económica de la oligarquía local articulada al capital financiero transnacional” (Juan Almendares, 07/01/2015).
Aparentemente, la lucha de Juan Francisco incomodaba los intereses de un grupo de la Central de Cafetaleros que es apoyado por el gobierno local, cuyo alcalde ha declarado abiertamente ser contrario a las acciones de MILPAH a la vez de apoyar la construcción de una represa para producción hidroeléctrica, propiedad de la familia de la que sea vice presidenta del congreso de la república de Honduras durante los hechos.