El 24 de marzo de 2016, varios asaltantes desconocidos y encapuchados mataron a tiros a Juan Carlos Jiménez Velasco. Juan Carlos fue maestro y líder comunitario de la Confederación Independiente de Organizaciones de la Asociación Civil (CIO – AC).
El homicidio se atribuyó a una disputa sobre tierras pertenecientes al antiguo Instituto Nacional Indígena (INI), que tienen estado ocupado por más de tres años. El padre de Juan Carlos, Mariano Jiménez Gómez (ex alcalde del pueblo indígena de Pantelhó), Jiménez Velasco y un grupo de otros habían participado en la ocupación de alrededor de 20 hectáreas de tierra, donde crearon la comunidad de Santa Catarina. Ubicada en el norte de San Cristóbal de las Casas, la tierra una vez perteneció al antiguo INI.
Debido a una disputa dentro de la comunidad a fines de 2015, decenas de familias lideradas por Juan Carlos Jiménez Gómez fueron expulsadas, presuntamente por miembros de COMACH (Grupo de Coordinación Ambiental para un Mejor Chiapas o Coordinadora de Organizaciones para el Medio Ambiente para un Chiapas Mejor) y Almetrach (Asociación de Arrendatarios del Mercado Tradicional o Asociación de Locatarios y Mercados Tradicionales de Chiapas.)
Rebeca Silvia Pérez López, esposa de Juan Carlos, tenía siete meses de embarazo en el momento de la muerte de su marido y ha acusado a los miembros de COMACH de ser responsable del crimen Al exigir justicia para su marido, también declaró que temía por su propia vida.
Adalberto Hernández Rabanales, coordinador del sindicato de docentes SNTE (Coordinación Nacional de Trabajadores de la Educación o Sindicato Nacional de Trabajadores de la Educación), ofreció un motivo alternativo para el asesinato. El líder sindical responsabilizó a Almetrach por el asesinato de Juan Carlos, diciendo que él era un maestro y un participante activo en la lucha de la profesión docente contra los recientes cambios en el sistema educativo.
La Coordinadora Nacional de Trabajadores de la Educación (CNTE) señaló que Juan Carlos Jiménez Velasco encabezó la lucha de 50 familias expulsadas de la comunidad de Santa Catarina de San Cristóbal de las Casas por miembros de Almetrach. Un comunicado de la CNTE señala que el día de la expulsión, el 10 de agosto de 2015, Juan Carlos había recibido varias amenazas de muerte. A través de su sección regional, la CNTE expresó su preocupación por sus propios miembros y por la familia del docente asesinadosy dijo que responsabilizarían a Almetrach, al ayuntamiento de San Cristóbal de las Casas y al gobierno estatal y federal por cualquier cosa que les pueda pasar.