Wilmer Paredes fue asesinado el 1 de enero de 2018 en San Juan Pueblo, departamento de Atlántida. Fue disparado por individuos que se transportaban en un vehículo tipo camioneta color gris.
A partir del 26 de noviembre, Wilmer Paredes ejerció un notorio liderazgo en San Juan, coordinando y acuerpando acciones en la movilización ciudadana en contra del fraude electoral. Wilmer, de forma particular, lideró acciones de inteligencia encaminadas a vigilar el accionar de los cuerpos policiales y militares en la zona, identificando personas infiltradas y procurando garantizar la seguridad de la población movilizada en contra del fraude.
Quince días antes de ser asesinado, Wilmer Paredes fue víctima de la brutal represión efectuada en en el municipio de La Masica, donde ciudadanos de diversas localidades se manifestaban contra el fraude electoral. Wilmer y otros nueve jóvenes fueron capturados y sometidos a actos degradantes, golpeados, escupidos y atacados con armas de electrochoque a manos de los agentes de seguridad del estado.
Tras estos eventos, Wilmer fue hostigado, perseguido y vigilado por un vehiculo sospechoso, presuntamente vinculado con la policía nacional de San Juan Pueblo.
Habiendo manifestado temer por su vida, Paredes, junto con el director general de MADJ, denunciaron su situación a las fuerzas de seguridad del estado y al Mecanismo Nacional de Protección, quienes le denegaron ayuda.
Dos días despues, en su motocicleta, cuando regresaba a casa del trabajo, Wilmer Paredes recibió 13 disparos, provocándole la muerte inmediata.